Smallville mostra a vida do Superman quando ele ainda era apenas um adolescente, que nem imaginava os poderes que tinha. Ao invés de lidar com vilões e proteger o mundo, Clark Kent terá que enfrentar a escola, as dificuldades de se conquistar as garotas e lidar com seus rígidos, porém amáveis, pais, enquanto seu corpo passa por muitas mudanças — e nem todas elas relacionadas à puberdade: uma super-força, visão de raio-x...Mais forte e mais rápido do que qualquer outra pessoa, Clark não consegue entender porque se sente tão deslocado, principalmente na presença da bela Lana Lang, cujos pais foram mortos da chuva de meteoros que o trouxe à Terra. E numa grande diferença em relação às outras histórias, Clark se torna amigo de seu futuro inimigo, Lex Luthor, após se encontrarem por acaso.
Uma criança aparece após uma chuva de meteoros em Smalville. Ela é encontrada por seus futuros pais, Jonathan e Martha Kent. Na adolescência, os poderes do novo membro da família começam a aparecer. Ele conhecerá Lex Luthor, seu futuro inimigo, e Lana Lang, seu primeiro amor.
Clark descobre que um colega da escola foi atacado por um inseto infectado por kryptonita. Ele terá que salvar sua amiga Lana do perigo, sem revelar seus superpoderes. Lex guarda o colar de kryptonita de Lana e tenta descobrir o uso da pedra.
Pai e filho brigam porque Clark decide jogar futebol americano. Ele acaba descobrindo que o treinador foi afetado pela kryptonita e fará qualquer coisa para ganhar. Lex tenta ganhar a confiança do pai para controlar a <i>Luthor Corp</i>.
Clark tem suas primeiras experiências com sua visão de raio-X. Ele testemunha um roubo de banco realizado pelo seu amigo Lex. Clark utiliza seu novo poder para salvar Lana das garras de um rapaz.
Clark consegue sair com Lana pela primeira vez graças à ajuda de Lex, mas a noite romântica é interrompida por uma aluna do colégio que possui uma doença causada pela kryptonita e busca conforto nos corpos humanos.
Uma garotas adolescente é contaminada por criptonita. Viciada em dietas, ela come a gordura de outras pessoas para manter sua aparência.
Clark pensa em procurar uma senhora que lê o futuro. Lex usa um objeto para ver seu futuro e acaba conhecendo alguns segredos de Clark. Um velhinho descobre a Fonte da Juventude e decide se vingar de algumas pessoas.
Clark e Lex unem-se para salvar alguns companheiros que foram seqüestrados pelo encarregado de limpeza e levados para a planta de Fertilizante da <i>Luthor Corp</i>.
Um policial vê Clark usando seus super poderes e o obriga a trabalhar com ele, mas Clark trai o policial. Lex recebe uma estranha proposta de uma ex-namorada inglesa.
Lex é perseguido por uma adolescente e a mansão dos Luthor é atacada por algo invisível. Lana pede para Clark lhe fazer companhia após ser abandonada por Whitney.
Um magnata dos pesticidas que possui a força da kryptonita tenta convencer Jonathan a vender a fazenda para construir a planta de uma empresa. Clark se une a um ermitão que possui o segredo do futuro da cidade.
Os poderes de Clark são passados para Eric quando ele é salvo pelo herói durante uma tempestade. Clark deve decidir entre ser um rapaz normal ou salvar a cidade das mãos de Eric.
Clark e Lex ficam assustados quando a mansão dos Luthor é assaltada por ladrões com poderes estranhos. Lex enlouquece quando eles roubam uma evidência de seu projeto secreto.
Um inimigo chega a Smallville para destruir a vida de Lex, colocando Clark e Lana em perigo. Clark tenta manter Chloe longe do mistério que rodeia sua adoção.
Clark deverá resolver o enigma da misteriosa flor de Nicodemus e Lex tenta provar que não está envolvido com isso. Jonathan abandona o trabalho e Lana enlouquece Clark.
Os Kent levam um rapaz atropelado por Martha para casa e tentam se comunicar com os pais dele, sem saber que ele possui o poder de ler mentes, o que pode prejudicar o segredo de Clark. Lex não sabe se aceita o trabalho oferecido por seu pai, pois terá que se mudar para Metrópolis.
Clark tenta deter um homem contaminado por um meteoro, que tenta aliviar o sofrimento de doentes através de um toque mortal. O pai de Whitney pode ser a próxima vítima do homem. Lex fica furioso quando descobre que seu pai enviou alguém para examinar os relatórios financeiros da <i>Luthor Corp</i>.
Clark tenta ser eleito representante de turma. Quando dois oponentes são atacados por um enxame de abelhas, ele começa a suspeitar que um dos candidatos esteja tentando sabotar a eleição.
Clark enfrenta um inimigo quando um estudante de arte que perdeu as mãos em um acidente de carro volta às aulas. Após o acidente, o jovem adquire a capacidade de mexer objetos com a mente. Lana sente cíumes de Clark e Chloe.
Clark e Lana tentam salvar Chloe de um seqüestrador. Lana adquire o poder de ver através dos olhos do bandido. Lex encontra a evidência de que uma nave já pousou em Smallville.
Um enorme tornado se aproxima de Smallville. Clark encontra a peça que faltava da nave e que dá vida à nave acidentada. O pai de Lex decide enviar o filho para Metrópolis. Um jornalista desonesto descobre os poderes de Clark e a nave escondida no sótão.